Program Studi Ilmu Komunikasi, Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora berawal dari transisi IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta menjadi sebuah civitas akademika yang berbasis Universitas. Hal tersebut dilandasi karena Universitas mempunyai bidang keilmuan yang lebih luas dan membutuhkan fakultas dan program studi non-keislaman. Maka dari itu, didirikanlah fakultas umum yaitu Ilmu Sosial dan Humaniora yang terdiri dari 3 program studi, salah satunya prodi ilmu komunikasi. Prodi ilmu komunikasi sendiri berdiri sejak tahun 2004 dan resmi membuka pendaftaran mahasiswa angkatan pertama pada tahun 2005. Pelopor berdirinya Ilmu Komunikasi di UIN Sunan Kalijaga adalah Drs. Abdul Rozak M.Si. , Siantari Rihartono, M.Si dan M. Nazili. Ketika itu dosen pertama ilmu komunikasi FISHUM UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah Iswandi Syahputra, M.Si, kemudian disusul oleh Ibu Marfuah Sri Saniyastuti, M.Si.
Visi, Misi,dan Tujuan
Visi :
unggul dan terkemuka dalam mengembangkan dan mengintegrasikan aspek keislaman dan keilmuan dalam pengembangan komunikasi di masyarakat.
Misi :
1. Melakukan reintegrasi epistemology keilmuan komunikasi dengan keilmuan agama menjadi komunikasi yang etis, humanis, dan religius.
2. Mengembangkan kajian dan penelitian komunikasi yang bermanfaat bagi kepentingan akademik, masyarakat, dan lingkungan.
3. Meningkatkan peran serta program studi ilmu komunikasi dalam bidang komunikasi berdasarkan wawasan keislaman dan keilmuan bagi terwujudnya masyarakat yang komunnikatif.
4. Membangun dan mengembangkan kerjasama program studi ilmu komunikasi dengan berbagai pihak untuk meningkatkan kualitas pelaksanaan Tridharma Perguruan Tinggi.
Tujuan:
1. Menghasilkan peserta didik yang berakhlak mulia dan memiliki tanggungjawab sosial ke,masyarakatan yang tinggi.
2. Menghasilkan sarjana ilmu komunikasi yang memiliki kemampuan akademik integratif dan profesional.
3. Menghasilkan sarjana ilmu komunikasi yang mampu dan tanggap dalam mengolah, menganalisis, dan memecahkan masalah komunikasi dalama masyarakat.
